El IX Karmapa, Wangchug Dorje (1556-1603), nació en el este del Tíbet. Se dice que cuando nació, se sentó y declaró:
"'Soy el Karmapa!". Esto llegó a los oídos de Kyamo Nangso Chokyong Tashi, un estudiante del VIII Karmapa, a quien su maestro le había dicho que estaría a su servicio una vez más en su próxima reencarnación.
Él fue a ver al niño y lo llevó al monasterio Lhundrub Tse de Kiamo. Con el tiempo, el V Shamar y Situ Chokyi Gocha determinaron que era el Karmapa. A los seis años, Wangchug Dorje fue entronizado por Shamar Rinpoche.
También recibió la Toma de Refugio, tomó los votos del Bodhissatva y recibió la iniciación de Amitayus, al igual que muchas otras transmisiones textuales y enseñan-zas. Shamarpa continúo con la enseñanza del joven Karmapa, le brindó la transmisión de textos del Tripitaka y algunos del Kagyupa. Wangchug Dorje recibió una formación integral y la enseñanza de Kagyu completa.
Estableció su sede principal en Tsurphu, el Tíbet central, donde también realizó retiros intensivos de meditación y escribió textos importantes para la práctica del Mahamudra, que todavía se usan hoy en día. En sus enseñanzas, Wangchug Dorje hizo hincapié en los textos del VIII Karmapa.
Viajó a lo largo y a lo ancho del Tíbet, y fue considerado el líder secular del Tíbet, además de un gran líder religioso.